عرب بود ، خانوادهء وى از شام و لبنان به طوس و اصفهان آمدند . شيخ بهايى در حكومت صفويه به مقام شيخ الاسلامى رسيد ، احتمالا ابن خاتون در ايران متولد شده و در توس و استرآباد در محضر علما درس خوانده است . پدر و دايىاش نيز عالم بودند و ابن خاتون در سال 1027 ه ق نزد بهايى به تحصيل علم مشغول بوده و از سوى وى اجازه دريافت داشته و ابن خاتون نيز شرح نفيسى بر كتاب « الاربعين » بهايى نوشته است كه در مقدمهء اين شرح ، بهايى را ستايش كرده و او را استاد ، مخدوم ، شيخ و بزرگ خود خوانده است . ابن خاتون در محضر شيخ عبد على بن محمود جابلقى مؤلف شرح الفيه كه از بستگان مادرش بوده تلمذ كرده و بعد از آموختن علوم تفسير ، حديث ، فقه ، كلام ، فلسفه ، منطق ، رياضى و تمام علوم متداول ، به اوج كمال رسيده است . وى در عهد سلطان محمد قلى شاه به هند آمد و با پيشواى اعظم محمد مؤمن روابط دوستانه برقرار كرد و در درس وى شركت جست . علامه محمد مؤمن چون او را شايسته تشخيص داد با او مساعدت كرد و سلطان محمد قلى ( درگذشته به سال 1035 ه ق ) او را به مناصب منشى الملك و دبير سلطنت منصوب كرد و در سال 1024 ه ق او را به عنوان سفير خود به ايران فرستاد و شيخ محمد بن خاتون در آنجا مدت ده سال اقامت گزيد و در اين مدت مدارك مهم علمى به دست آورد . وى بعد از وفات محمد قلى شاه به دكن آمد و عبد اللّه قطب شاه از او پذيرايى كرد و سپس پادشاه او را به منصب نايب پيشواى شوهر عمه خود شاه محمد بن شاه على عرب شاه پيرزاده منصوب ساخت . مدتى بعد منصب دبيرى را از محمد رضا استرآبادى تحويل گرفت و در 9 رمضان 1038 ه ق به سمت پيشواى كل تعيين شد . در 13 جمادى الثانى 1042 ه ق مير محمد رضا به مقام پيشوايى برگشت و ابن خاتون از مقام پيشوايى معزول گشت ، اما در 9 شوال 1043 ه ق به مقام جملة الملك منصوب شد و به اوج احترام رسيد و اجازه داشت كه سواره داخل قصر شاهى شود . شهرت علمى وى تا نقاط دور رسيده بود ، چنان‌كه مصنف « امل الآمل » معاصر ابن خاتون علامه حرّ عاملى مىنويسد : « عالم و فاضل ، ماهر و محقق ، اديب عظيم الشأن و جليل القدر و جامع فنون علم بود » . و مولانا محمد بن شرف الدّين نوشته است : « مولاى معظم شيخ اكرم ، جامع اوصاف عالى ، اخلاق و عادات و حامل كامل تمام كمالات و شخصيتهاى آفاقى ، سخى ، صاحب شرف ، كريم ، پاك‌سرشت ، معزّز ، داراى خوبيها و صفاتى كه بيان آن دشوار است . فضل او به اندازه‌اى بود كه يك قسمت آن اگر بين حاملان دنيا تقسيم